Po chvíli googlení a dotazu na kamaráda (díky Atra) jsem přišel na tento postup.
UPOZORNĚNÍ: Autor nenese žádnou zodpovědnost za případné škody způsobené použitím tohoto návodu.
Do ~/.muttrc přidat volby pro zobrazení duplicit a třídění podle vláken (předmět zprávy)
set duplicate_threads = yes
set sort=threads
set auto_tag=yes
Spojit oba mailboxy do jednoho souboru a otevřít v mutt
cat mailbox1 mailbox2 > mailbox.all
mutt –f mailbox.all
Vyfiltrovat duplicitní zprávy (T, ~=), smazat je (d) a ukončit mutt (q). Tím dojde k odstranění duplicitních zpráv a uložení do souboru mailbox.all
T
~=
d
q
Výsledný soubor mailbox.all nyní obsahuje maily z obou mailboxů, bez duplicit. Tímto souborem stačí nahradit mailbox na novém stroji.